只有将这些大佬们北迁，之后任用自己中意的官员掌控府县，政商合一的东林集团才会没了根本，势必会逐渐消亡。
至于新的利益集团的诞生，在严格的监督机制制约下，很难再达到现在东林党集团的规模和危害。
南京政府北迁的打算朱由检谁都没告诉，包括负责施工的外戚们，营造房舍也是打着京城扩建的旗号进行的，就算有人怀疑，也绝不会想到皇帝将来会有如此惊人之举。
解散南京政权的想法肯定会受到京城重臣们的一致欢迎。对于南京政府这样一个超然的存在，朝臣们心里早就厌烦无比，但同时又无可奈何，因为大明自成祖一下的历代帝王，虽然也有对南京不满，但始终缺乏勇气和魄力来打破这个朝廷的枷锁。
南京各部寺的同仁们对朝廷的某些行文政策根本不屑一顾，无数次的直接打脸京城朝廷，摆出一副不服来干的嚣张嘴脸。
只要朝廷打算惩处南京某一位部司高官，那就等于捅了马蜂窝，立刻会有无数的弹章直送京城，各种谩骂攻击随之而来，最终京师重臣们不得不捏着鼻子收回承命。
至于两京各部司合并后的各级主官人选，当然要采取北重南轻的方法，南京来的全部副之，但名称上并未改变，大家都是重臣，最起码的面子还是要给的，但里子就算了。
朱由检打算采用新的官制：设立左右尚书。
比如吏部，现任吏部尚书周云将会成为左尚书，将来合并过来的南京吏部尚书当然为右尚书，官职都是尚书，但在以左为尊的时代，大家都会明白谁说了算。
左右侍郎分别也是两人，原先朝廷的左右侍郎全部为左侍郎，南京过来的两个都是右侍郎。
明年南京政府北迁就先拿吏部下手，然后兵部、户部、督察院这些重要部司一个一个来。
在朱由检的计划中，明年如果对建州的战争取得决定性成果后，南京的四十九个卫所就没有存在的必要了，他会下旨裁撤全大明的卫所，取消军户制度，所有军户转为民户。
在内忧外患基本消除的情况下，名存实亡的卫所制已经没有存在的必要。
军户们两百年来受到的剥削与种种限制将会彻底废除，各地卫所的土地在经过丈量后分派给每个军户家庭，就依照孙传庭在西安那套方法施行，给卫所高官保留一定数额的田地，其余的分产到户，然后辅以各种政策的的支持。
军户们由佃租上官的田地，变为拥有属于自己的田地，这将会使得全国大量军户的生产热情得到最大程度的释放，极大的提高全大明的粮食产量。尤其是物产丰富的江南一带，单单南京四十九个卫所就占用了数千万亩田地，而这些田地的产出大都归属于卫所的各级将官，军户们辛苦一年所得也仅只裹腹而已。
实际上早就有大批的军户打破了朝廷名义上的限制，暗地里从事各种产业，已于普通民户无异，卫所的将官们除了名号以外，与地主土豪没什么区别。