接下来的一段时日内，南京府城以及下辖各州县城中，每日都会有被牵连进去的官绅和士绅大户，以及日常与其过从甚密的读书人被押至城中闹市区当众砍头。
谋反大罪的名头下，或许会有无辜之人被牵连进去，但从重从快、借机震慑他人，这是朱由检在圣旨中特意强调过的，秉持着这一宗旨的锦衣卫自然不肯错过立功发财的机会。
这场大规模的杀人立威的行动，自官府年假开始后的第二天开始，直至崇祯十二年正月十二结束，足足持续了近二十天的时间，共有超过两千余人被以谋反同谋处决。
除了广大的平民百姓外，但凡是颇有资产的大户们每日间都在心惊肉跳中渡过，生怕家里会突现锦衣卫的身影。
在这场被后世的历史称作江南肃清案的事件中，除了案犯们大量的财产被一船一船的运往京师外，更是有数不清的商铺工坊、田地酒楼被四海商行收入囊中，使得朱由检的资产再次迎来了爆发性增长。
除此之外，还有一小队神秘人物在不引人注目地情形下介入其中。
这伙人就是以卫生署署正吴有性为首的郎中队伍。
他们是受朱由检委派，从那些满门抄斩的尸首中挑选各个年龄和性别之人，将其秘密运到某个无人知晓的地点进行解剖，借以研究人体内的脏器和结构，为将来的外科手术打下一个良好的基础。
这种事情必须要隐秘。
在极其重视身后事的当下，就算是十恶不赦的罪人，其遗体也是不容他人亵渎的。如果将死人的尸体剖开的消息传扬出去，那经手人的名声可就臭大街了，并且是怎么洗也洗不清的那种。
当朱由检提出此事后，吴有性也是表示了极大的抗拒之意，但经过朱由检耐心劝导，并且以只有深入了解人体结构，将来才能救活更多人的名义实施此事，纠结无比的吴有性才勉强答应了下来。
听从朱由检吩咐，在先行拿一些家畜练过手之后，吴有性总算是心中有了点底气。
在以同样的道理灌输说服下，吴有性还是带着十几名胆大包天的郎中下了江南。
在克服了初始的罪恶感后，在强忍各种不适解剖了十余具尸体的情形下，吴有性等人的负罪感也逐渐淡化，并最终化为了对这种新生事物的极大兴趣。
这算得上是人类历史上第一次大规模的人体解剖课了。
在打开这些遗体后，郎中们终于对人体的各种脏器以及血管神经的分布有了最为直观的认识，各人都觉得在这样的解剖过程中，自己对传统医术的理解仿佛无形中加深了不少。
比如原先所说要人命的急性肠痈，原来它的构成是这样的，与其牵连的血管并不丰富。