在二十四磅重炮的连续轰击下，城墙上的西班牙士兵已有数十人伤亡，六门青铜炮中有两门被摧毁，虽然剩下的四门小炮打响两轮，再次杀伤了数十名土著，但桥面上的两道砖墙残骸也被清理完毕。
“掷弹手上前！
敌炮响后上前投弹！
五队火枪兵列阵，两队刀盾手随后！敌败后齐射一轮，之后刀盾手当先进城！”
赵武再次高声下令道。
现在唯一能够威胁明军的就是残存的四门小炮，但这种炮并不是装填快速的佛郎机，打完一轮后再次发射时中间有大约数十息的间隔时间，而西班牙火枪手因为米涅枪超远距离地威胁而被迫退到城墙两侧较远地地方，现在只要想办法打掉那几门青铜炮，明军就可以顺利地冲进城去了。
由于这是双方军队之间第一次交锋，西班牙人对大明的军备可以说两眼一抹黑，他们根本不知道明军还有掷弹兵和震天雷的存在，所以赵武的一系列策略很快便取得了明显地成效。
在充当炮灰的土著们消耗无几后，明军二十名掷弹兵分成四波，趁着火炮打响后的间隙，轮流冲上石桥，向城墙上投出了二十颗震天雷，将包括包括一直躲在一旁指挥战斗的罗德里格斯、以及四个炮位上的西班牙士兵炸成烂肉一团。
罗德里格斯的阵亡很快让失去了指挥的西班牙士兵陷入短暂的混乱之中。
看到明军有突入城中的迹象，城墙上的西班牙士兵有的想要沿着城墙向其他方向逃窜，有的则是准备下到城内列阵阻击明军，一时之间，城墙上各种怒吼声争吵声交织，数百名士兵短时间内失去了战斗力。
趁着西班牙士兵乱成一团之际，排成两个方阵的五百名明军士卒以连击方式，从两百步外冲着两侧城墙上的西班牙士兵打响了火枪，漫天硝烟散去后，城墙上的西班牙士兵有数十人被铳弹击中倒地，其余的士兵惊慌之下瞬间达成了默契，一边呼喊一边乱糟糟的沿着城墙向两侧逃去。
“进城结阵！”
眼见胜局已定，赵武当先大步向南门走去，几名亲兵紧紧随扈在他的左右。
等到张文耀进到马尼拉城中时，南门内只有两百明军在宽敞整洁的街道上面北列阵，赵武已经带着另外一千余名手下顺着城墙分别向东西两面展开了追击。
没过多久，从东西两面传来捷报，明军已经顺利夺取了东西两座城门，李三炮和周烈部也已全部入城，三部共计四千余人开始从东、西、南三面，沿着街道向城内进行清剿。
就在明军开始对马尼拉南门进行炮击之时，总督府内也是一片忙乱地景象，总督佩雷斯的妻子儿女以及数名男女仆从正在紧张地忙碌着。
他们把总督府里的各种贵重物品装箱打包，做好了随时撤往城外圣地亚哥堡的准备。