大明使团在马尼拉足足修整了二十天，等到全员身体和精神状态基本恢复后，方以智、郑芝凤方才与张文耀等人告别，拔锚起航后向大明返航而去。
崇祯十四年十一月初九日，船队在北海舰队派出的几艘战舰的护卫下抵达天津卫码头，在离开大明五年后终于回到了故土。
踏上码头的那一刻，自恃心志坚定的方以智也不禁双眼湿润，而随后下船的使团成员中，有的人则是放声大哭，但更多人则是欢呼和雀跃着，表达着对回到故乡的那种激动的心情。
十天之后，回到京师的方以智和郑芝凤奉诏入宫觐见，陪同他们一起入宫的还有温体仁、孙传庭、陈奇瑜以及礼部尚书邹维琏、鸿胪寺卿李进番等相关人员。
虽然朱由检已明令废除了叩首礼，但首次觐见天颜的方以智和郑芝凤，依旧是坚持着行了三跪九拜的大礼。
尤其是方以智，以一介白身直接被擢为礼部侍郎衔出使欧洲，这种天大的恩遇可以说是自古罕见，尤其是在他自知名气并不大的情形下，骤然有此荣耀加身，这种等同于再造的知遇之恩，是他无论如何都会感激涕零的。
“方卿、郑卿且起！
卿二人在明知前路吉凶未卜，甚至随时极有可能葬身鱼腹之危时，依旧毅然奉命横跨数万里之大洋，率团出访极西之欧洲诸国，其心性之坚毅、勇于任事之担当，用心办差之能力，实为天下官员之楷模！
朕对二位卿家于此行之诸多表现极为满意！
还望二位卿家今后戒骄戒躁，始终保持此优良作风，将此风格贯穿始终，在本职中充分发扬光大，为建设一个崭新之大明做出更多贡献！
二位卿家对欧洲之行有何看法，现下可以大致讲说一番。
方卿，你便代表郑卿讲一讲吧！”
朱由检打量着方以智这位后世传颂的名人，心里头不禁暗叹“果然是盛名之下无虚士！”
对于此次欧洲之行的所见所闻，方以智都做了详细的笔录，对欧洲各国的风土人情及所看到的国情大政都有描述，并在其间添加了自己的思考和评论，可谓是十分用心之至。
这本多达十几万字的游记体的著作，朱由检已经在数日内浏览完毕，并且对现在欧洲各国的概况有了一个大致的了解和认识，这本笔记可以说是相当珍贵的资料，对于大明制订相关政策有着很好的借鉴作用。
这种极其认真敬业的态度，也是大明官场所需要的。
“微臣等愧不敢当！
若非圣君在位，臣与郑鸣山此生怕是绝无机会能有如此见识。
臣等只愿此行所获能有助于我皇明日后之发展。
他山之石可以攻玉。
此次欧洲之行，臣等认识到天下是如此之大，有诸多国家在某些方面之建设中，还是有许多值得借鉴的地方。