丛生在根颈上，肉质，冬季在地下越冬，春初随气温上升，萌芽出土，初生时水红色至浅紫红色，也有黄色的，长出地面后，颜色加深，一般成为深紫红色，外有鳞片保护。芍药的芽为混合芽，既发育成生殖器官——花，又形成营养器官——茎和叶。萌芽前，芽长为2.5～4厘米。芽生出地面之后的颜色与形态也因品种不同会有所差异，颜色从深紫红色到黄褐色不等，芽形则可分为3型：即短圆型、竹笋型、笔尖型。短圆型，芽体较短，端部钝圆形；竹笋型，芽体较长，端部急尖，呈竹笋状；笔尖型，芽体较长，端部渐尖，状如毛笔的笔尖。芍药发芽是最壮观的场面之一，因为它体现了生命的萌发与活力，因此具有较高的欣赏价值。
由根部簇生，高约50～110厘米，草本，茎基部圆柱形，上端多棱角，有的扭曲，有的直伸，向阳部分多呈紫红晕。
叶，下部的二回三出羽状复叶，即叶的末端由3片小叶组成一束叶，两侧又各有一束叶，两侧的每一束叶通常情况下由4片小叶组成，中部的复叶，末端的3片小叶不变，两侧的小叶片数开始减少，由原先的4片逐渐减为3片、2片或1片，甚至消失，当消失时，末端只有3片小叶构成，这时叫做三回羽状复叶，上方的叶片是单叶。叶长20～24厘米，小叶有椭圆形、狭卵形、被针形等，叶端长而尖，全缘微波，叶缘密生白色骨质细齿，叶面有黄绿色、绿色和深绿色等，叶背多粉绿色，有毛或无毛。芍药的叶也具有观赏价值，“红灯烁烁绿盘龙”中“绿盘龙”就是对叶的赞美，因此也可作为观叶植物。
花芽，芍药的芽为混合芽，属地下芽类型，萌发后伸出地面既抽桂长叶，又展蕾开花。混合芽是多种原基的复合体，由顶端生长点、芽鳞、芽鳞腋内的腋芽原基、叶原基、叶原基腋内的腋芽尿原基、苞片原基、萼片原基、花瓣原基、雄蕊原基、雌蕊原基等组成。该芽称之为母代芽，而芽鳞和叶原基腋内的腋芽原基就是子代芽的原始体。叶原基腋内的及其腋芽原基不产生芽鳞为裸芽；而鳞片腋内的腋芽原基有芽鳞，形成鳞芽。春天鳞芽萌发，子代裸芽随母代混合芽的节间伸长而伸出地面，形成主干上的花枝或分枝；其子代鳞芽不露出地面。待秋后地上部分枯萎后，位于芍药根颈部最上端的子代鳞芽就成了“顶芽”。实际上芍药的顶芽只有一个，就是种子萌发后，实生苗的顶芽。次年，这子代鳞芽就萌发出土，伸枝、展叶、开花。所以，裸芽的生命周期为2年，而鳞芽的生命周期为3年。
芍药其地下鳞芽的腋芽约于8月出现，其顶端生长点由外向内逐渐产生芽鳞原基，到第二年5月，已形成4个芽鳞包被的生长点，6月下旬芽鳞分化完成。然后，顶端生长点开始产生叶原基，叶原基有多个指状突起，而芽鳞原基仅有1～3个。叶原基分化从8月上旬到9月上旬结束。
花蕾，形状有圆桃、平圆桃、扁圆桃、尖圆桃、长圆桃、尖桃、歪尖桃、长尖桃、扁桃等数种。外轮萼片5枚，叶状披针形，绿色，从下到上依次减小；内萼片3枚（不包括变种），绿色或黄绿色，有时夹有黄白条纹或紫红条纹，倒卵形、宽卵形、圆形、椭圆形或不规则形。