汉光武帝刘秀建立东汉王朝以后，为了解决漕运的问题，索性将国都从长安迁移到了洛阳，如此一来，自然大大减少了首都对于粮食的需求。和西汉王朝不同，对于东汉王朝来说，漕运只是个短期、临时性的行为，汉光武帝刘秀索性在精简官员的时侯，将护漕都尉也一并罢免了；
经过魏晋南北朝长达三百年的割据后，中国在隋代终于再次统一，隋炀帝杨广继承皇位以后，将都城从长安移到洛阳，为了加强南北方的交通，隋炀帝杨广决定将几处前朝修建的运河和河流连接起来，挖掘、开垦了通济渠、永济渠，再进以扩展，最终形成以洛阳为中转，北起河北涿郡（今北京），南到余杭的京杭大运河；通过京杭大运河，南方的粮食“源源不断”地输送到东都--洛阳城，隋炀帝杨广时期建造的回洛仓、兴洛仓等，都是长约一千米，宽约三百六十米的超级仓库，回洛仓、兴洛仓等粮食的储备都在百万石以上。
隋炀帝杨广除了兴建大运河之外，又大动干戈三征高丽，三游江都，由于无止境的征发民力，造成了隋朝末年的农民大起义爆发，隋朝灭亡，在距离隋朝灭亡过去的二十年后，贞观十一年（公元六百三十七年），监察御史马周给唐太宗李世民上了一道奏折：“隋家储洛口，而李密因之；西京府库，亦为国家之用，至今未尽。”可见当时隋朝储存的粮食，到了贞观十一年，仍然没有吃完。难怪民间有“隋炀帝开通运河，唐太宗、宋太祖受益”的说法。
五代时期，后晋史学家刘昫所著的《旧唐书》中，曾经记录了永徽三年（公元六百五十二年），唐高宗李适执政时期与户部尚书高履行的一段对话，唐高宗李适问户部尚书高履行：“去年进户多少？”高履行奏称：“进户总一十五万。”唐高宗李适又问曰：“隋日有几户？今见有几户？”高履行奏：“隋开皇中有户八百七十万，即今见有户三百八十万。”
此时距离贞观十一年，又过去十五年矣，唐朝的人口居然还没达到隋朝开皇年间人口的一半，隋炀帝杨广之所以储存如此多的粮食，是因为当时的人口已经达到了五千万人的峰值，隋朝开皇年间的人口纪录一直要到后来唐玄宗天宝年间才被打破。
自唐玄宗执政末年，长安城人口激增，日益依赖漕运，唐德宗执政期间因为藩镇割据阻断漕运，长安城出现了大面积的饥荒，当时连禁卫军都忍受不了饥饿，差点就要造反了，就在这个危难关头，漕粮及时运到，才平息了一场“滔天大祸”，唐德宗心有余悸地对太子说道：“粮食终于运到了，我们父子项上人头总算保住了！”可见，唐朝的漕运堪称朝廷的生命线！
北宋王朝直接将京城建在东京汴梁（今开封），漕运所经过的路线较隋唐时减少将近一半，同时又对运河河道进行了一系列整理，提高了运输能力和运输效率；南宋王朝直接建都杭州，就近取粮，漕运以长江及江南河流为运输干道。
大明王朝开国之初，曾经实行过短暂的海运，然而在成祖皇帝时期，一位能吏的出现，改变了漕运的方式。这个人就是陈瑄，陈瑄在洪武年间（明太祖朱元璋的年号）参加过讨伐云南一带蛮族的战争，陈瑄“能征惯战”立过不少战功；建文帝朱允炆执政期间，任命陈瑄统领南京水师，然而，陈瑄却作了一件“忘恩负义”的事情，他在建文帝朱允炆与燕王朱棣的战争中“临阵倒戈”，主动迎接燕王朱棣渡过长江。