万历二十九年（公元一千六百零一年）利玛窦将《坤舆万国全图》献给万历皇帝，得到万历皇帝的称赞，还发给他大明官员的俸碌；内阁首辅叶向高接见了利玛窦，并与他下了一盘围棋，利玛窦在《利玛窦中国札记》中记录此事，这件事也是欧洲人对中国围棋的最早记录。
内阁首辅叶向高赠给利玛窦一首诗，《诗赠西国诸子》：“天地信无垠，小智安足拟。爰有西方人，来自八万里。言暮中华风，深契吾儒里。著书多格言，结交尽贤士。淑诡良不矜，熙攘乃所鄙。圣化被九埏，殊方表同轨。拘儒徒管窥，大观自一视。我亦与之游，冷然待深旨。”叶向高此首诗的手稿后来碾转来到欧洲，现存于法国国家图书馆。
后来利玛窦于万历三十八年（公元一千六百一十年）病逝于北京，按照大明制度规定，传教士死后都应该葬于澳门，不能够葬在京城。
接任利玛窦的传教士庞迪我向万历皇帝上奏章，力求让利玛窦葬于北京：“利玛窦以年老患病身故，情实可怜，况臣利玛窦自入圣朝，渐习熙明之化，读书通理，朝夕虔恭，焚香祝天，颂圣一念，犬马报恩忠赤之心，都城士民共知，非敢饰说。生前颇称好学，颇能著述，先在海邦，原系知名之士，及来上国，亦为缙绅所嘉？臣等外国微臣，悲其死无葬地，泣血祈恳天恩，查赐闲地亩余，或废寺闲房数间，俾异域遗骸得以埋瘗，而臣等见在四人，亦得生死相依，恪守教规，既享天朝乐土太平之福，亦毕蝼蚁外臣报效之诚。”
庞迪我在此封奏章中，称中国文明为熙明之化，大明王朝为天朝乐土，又将利玛窦和自己比作犬、马、蝼蚁，言词恭敬地表达了对中国文化及大明皇帝的敬意。万历皇帝念及利玛窦所献之《坤舆万国全图》有功劳，于是动了恻隐之心，并批准了庞迪我的要求，将利玛窦葬于北京西郊的藤公栅栏（今存于北京行政学院院内）。
言官曾经对万历皇帝批准利玛窦葬于北京的事，以“从来无此先例”为由，提出反对意见。叶向高慨然道：“自古来华洋人中，其道德学问，有一如利子乎？毋论其它事，即译《几何原本》一书，便宜赐葬地矣。”
利玛窦墓园现仍存有万历三十八年立的墓碑一座，碑文是:“利先生讳玛窦，号西泰，大西洋意大利亚国人。自幼入会真修，明万历壬辛年航海首入中华衍教，万历庚子年来都，万历庚戌年卒。在世五十九年，在会四十二年。”利玛窦也成为中国历史上首位葬于北京的西方传教士。利玛窦的著作不仅影响了中国人，也影响了同属中华文化圈的朝鲜，日本等国，日本作者平川佑弘在其所著《利玛窦传》就对其作了高度评价，称赞他是”世界公民！“、“人类历史上第一位集欧洲文艺复兴时期的诸种学艺，和中国四书五经等古典学问于一身的巨人。”
在胡子睿看来，这张《坤舆万国全图》已经非常接近于后世的世界地图了，而这张图本身是中西文化互相交流的产物，比如在这张图上的欧罗巴洲西班牙国，上面有注解文字:“(欧罗巴洲）去中国八万里，自古不通，今相通近七十余载云。“