嘉靖皇帝此时身体已经很差了，他在死前立下遗诏：”朕以宗人入继大统，获奉宗庙四十五年。深惟享国久长，累朝未有。乃兹弗起，夫复何恨！但念朕远奉列圣之家法，近承皇考之身教，一念惓惓，本惟敬天助民是务，只缘多病，过求长生，遂致奸人乘机诳惑，祷是日举，土木岁兴，郊庙之祀不亲，明讲之仪久废，既违成宪，亦负初心。迩者天启朕衷，方图改彻，而据婴仄疾，补过无由，每思惟增愧恨。“
胡子睿知道这里的奸人指的乃是严嵩、严世藩一党，在这里嘉靖皇帝承认海瑞说的大都是正确的。
嘉靖皇帝遗诏继写道：“盖愆成昊端伏，后贤皇子裕至。仁孝天植，睿智夙成。宜上遵祖训，下顺群情，即皇帝位。勉修令德，勿遇毁伤。丧礼依旧制，以日易月，二十七日释服，祭用素馐，毋禁民间音乐嫁娶。宗室亲、郡王，藩屏为重，不可擅离封域。各处总督镇巡三司官地方攸系不可擅去职守，闻丧之日，各止于本处朝夕哭临，三日进香差官代行。卫所、府、州、县并土官俱免进香。郊社等礼及朕祔葬祀享，各稽祖宗旧典，斟酌改正。
自即位至今，建言得罪诸臣，存者召用，殁者恤录，见监者即先释放复职。方士人等，查照情罪，各正刑章，斋蘸工作采买等项不经劳民之事悉皆停止。于戏！子以继志述事并善为孝，臣以将顺匡救两尽为忠。尚体至怀，用钦未命，诏告天下，咸使闻之。“
隆庆皇帝继位后，将杨继盛列为抚恤录的头名，给他的评价是“刚方秉性，慷慨致身”，又云：“死者不可复生，百身难赎；枉者不可不直，三命宜颁。遵遗诏以加恩，悯孤忠而锡恤。特赠尔中顺大夫，太常寺少卿，谥忠愍，葬祭，并加录荫。”又赐祠堂于保定，额曰：“旌忠”，两边还有一付对联“铁肩担道义，辣手箸文章”！而京城的百姓也自发将杨继盛的往处，改成城煌庙，将张氏供奉于内。
胡子睿知道旌本是指旌旗，引申为旗帜，也有表扬、表彰之意，而忠就更是褒义词了，正所谓“天下至德，莫大乎忠。“
杨继盛的沉冤既然已昭雪，于是他的老师，已经升任首辅的徐阶也写了道诗祭典自己的爱徒：”万物禀气以为命，公生其中得厥正。位卑身仆益自奋，君恩必报以死殉。人心为愤地为震，岁星一终天乃定。澌灭主明圣，易名建祠锡赠廕。制词前后相辉映，嗟公一死重孰并。我铭揭之为世镜。“
文坛后七子领袖，杨继盛生前的好友王化贞也写了首诗：”呜呼，国家之所以为杨公者，足矣。当公再上疏再得罪以死，天下（阙）公之忠，痛公之冤，而不知公之功实在社稷。天下（阙）先帝之怒，公至僇其身，而不知再用公之言以格鸾嵩之奸，于后天下知，今上仁圣，数用言官言褒卿公，而不知其阴体，先帝之遗意。呜呼，公可以含笑地下矣。“
海瑞被嘉靖皇帝关下监狱，一直是待罪之身，有一天，狱卒拿了一顿丰盛的酒菜，海瑞没想到是嘉靖皇帝已经架崩了，自己马上就可以自由了，还以为是处斩自己的上路酒，于是他放开手脚大吃了一顿。那天晚上，嘉靖皇帝架崩的消息传来，海瑞于是“嚎啕大哭”，就像死了爹一样伤心，整个监狱都能听见海瑞的哭声，海瑞一面哭，一面把自己吃的东西全部吐了出来。