朝廷决议进行军制改革：“并团营复祖制，将十二团营、两官厅官军悉并入五军营，仍分中、左、右、哨、披五枝，每枝添设坐营官一人，参将二人，游击二人，三千、神机及五军所属二千围子手等营俱如故。自古宦官不得典兵，今大营内，尚有内臣、提督、监枪等项，不下二三十人，此辈既不知兵，又专役占为务，俱宜裁革。“
在军制改革、汰淘冗员后，接下来，又针对之前春、秋各部轮番进行操练的弊端，进行了改革：”自今请令于五月中旬赴京，各都司统率入营一体操练，至十一月中旬回休息，不必两班赴京，如此则每岁京营秋防之时，可得十五六万人，比之招募尤为省费。“这些建议上报嘉靖皇帝，制曰：”可！“
后来在隆庆年间，隆庆和议达成，明朝与蒙古之间结束了长期的战争；到了万历年间，俺答部因为争夺顺义王之位，四分五裂，风头渐渐被“插汗”部取代，其首领就是林丹汗或前文所说的虎敦兔汗。广宁之败后，从广宁到山海关之间的大片地区，原本居住的百姓纷纷逃亡，“插汗”部等蒙古部落乘虚而入，在这里放牧。
王在晋、孙承宗短暂的同事生涯中，还有一件大事，那就是所谓的十三山义民事件；原来广宁之战失利后，大部分难民都跑到了山海关，然而因为辽东有以锦州、义州为首几个地方的百姓，就没有及时撤退。建虏刚刚占领锦州、义州之时，便遣三骑持赤帜传令，宣称自髡者不杀，当时民众普通不愿意剃发，他们说我辈死不足惜，一旦剃头作了鞑子，他日被官军（明军）剿灭，死后都不得安生。为了减弱百姓们的抵抗，建酋假倖倖地表示只要顺从满州风俗，剃发易服，我们就保证你们的生命财产安全。
然而，此前一再发誓会善待百姓的努尔哈赤，很快就“背信弃义”地露出了狰狞面目，奴酋据封贮府库，先将官府的金、银搜取一空，随后又开始“挖地三尺”地收刮民间的财富，建虏用牛、马、车辆运输收刮来的金钱财货，一连运了数日都没有运尽，可见金额何止数百万。
建虏甚至连民众的衣服也要收刮，努尔哈赤作了硬性规定，大户人家留九件衣服，中等人留五件衣服，下等人留三件衣服，其余的全部上交，建虏随后将这些衣服摆放在演武场，首先供旗人挑选，挑选完后再将这些衣服赠与蒙古贵族，原来西部蒙古最爱绸缎衣物，建虏以此来讨好他们。
建酋为了加强对占领地区汉民的控制，防止他们逃亡或者与明朝串联，经常大批迁移民众；努尔哈赤在占据广宁不到十天，将财物收刮干尽后，不顾当时还是“冰天寒地”的隆冬季节，下达文书让辽河以西的民众迁到辽河以东；锦州民众迁到辽阳，广宁民众迁到沈阳，右屯、义州民众迁到金州、复州。
建虏的所谓迁移活动，就是强制搬迁，常常是先烧房，努尔哈赤曾经指示：“预先调查城内有那些坚固的地方，首先要加以破坏，放火烧毁全部房屋。头一天放火没烧完的房，第二天再放火烧，城门也不留下，剥下铁放火烧。务必将其全部烧成灰烬，”