东帝汶位于努沙登加拉群岛东端的岛国，包括帝汶岛东部和西部北海岸的欧库西地区，以及附近的阿陶罗岛和东端的雅库岛。△頂點說，..西与印尼西帝汶相接，南隔帝汶海与澳大利亚相望。1976年4月，印尼军队入侵东帝汶。7月，印尼总统苏哈托签署特别法案，宣布东帝汶成为为印尼第7个省。1978年，印尼人民协商会议通过关于批准该法案生效的《第4号法令》，正式将东帝汶纳入印尼版图。同年1月，联合国大会通过决议，要求印尼从东帝汶撤军，呼吁各国尊重东帝汶的领土完整和人民不可剥夺的自决权利。
此后，联合国大会一再通过决议案，谴责印尼对东帝汶的侵略，并认为东帝汶的行政管辖权属于葡萄牙。为尽早妥善解决东帝汶问题，从198年至1998年初，在联合国秘书长斡旋下，印尼与葡萄牙政府就东帝汶问题进行了十几轮谈判，但均无实质性进展。
1991年11月11日，东帝汶首府帝力爆发示威群众与军队之间大规模流血事件。印尼武装部队在帝力一个公墓，向手无寸铁的争取独立的示威者开枪，当场杀死100多人，东帝汶问题再度引起国际社会的广泛关注。
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亚齐位于印尼最西部，苏门答腊岛北端，首府班达亚齐距离首都雅加达1600公里。亚齐北倚马六甲海峡，西临印度洋，面积近6万平方公里，人口460万，其中98％信奉伊斯兰教。亚齐的石油、天然气、金银矿、木材等自然资源丰富，是印尼的主要财源。
亚齐人曾经对印尼共和国的成立做出过特殊贡献，但独立后中央政府的集权政策剥夺了亚齐人的许多权力和经济利益，其收入绝大部分被中央政府收走，苏哈托上台后对亚齐的控制与剥削有增无减。90年代以后，苏哈托政府对该省的剥削，更是变本加厉。
从1997—1998财政年度看，亚齐仅天然气资源就为中央财政贡献了45亿美元，而同年亚齐地方财政只有140万美元，经济盘剥加剧了亚齐人寻求独立的步伐。
早在50年代初期，由于中央政府取消亚齐自治区的地位，解散亚齐人军团，同时禁止当地军人的贸易活动，亚齐分离主义运动逐渐产生，但由于遭到政府的残酷封杀而没有形成气候。
1976年1月，“自由亚齐运动”宣告成立，这本是一个较的反叛组织，但由于得到人民的支持而不断发展壮大，后来分裂势力与流亡海外的亚齐贵族结合起来，在瑞士成立总部，有组织地与中央政府对抗，展开游击战争。从“自由亚齐运动”开始至今，印尼军警与亚齐武装分子的冲突从未间断。尤其是当地居民，发现苏哈托时期惨遭军方杀害者的“万人坑”，更是加剧了亚齐人脱离中央政府的情绪。亚齐群众公开与政府的命令对抗，致使政府在亚齐的统治举步维艰。
东帝汶和亚齐二十年的独立运动，虽然一直让印尼政府头疼，但一直坚持派出重兵镇压，实行高压政策对两地进行统治。一方是政府的正规军，另一方是自发组织起来的民兵，双方的战局可想而知。二十年来，据不完全统计，共有18817名亚齐人被残杀，4000多人下落不明，40000多人背井离乡。