荆州不仅是清军卡在长江上的一根刺，也是守护襄阳南面的门户，所以清军对荆州的攻防还是比较重视的。不过驻守荆州的清军人数不多，根据苏克萨哈的计划，清军将会用水攻来对付明军。
定下水攻计划之前，苏克萨哈同费扬古、沃赫、硕岱等人经过一番激烈的争论。
费扬古和沃赫等人以为，明军本来就是水师强大，再用水攻之计，那么不是自己淹没了荆州城，让明军的水师可以直接冲到城下？而明军细作探子遍布各地，一旦被明军识破了清军要用水攻之计，说不定明军自己主动扒开江堤放水，到时候明军的水师就能直接开到长湖去了！所以说，以水攻对付明军，是以己之短攻敌之长。
但是苏克萨哈经过分析之后认为，明军必然不敢主动扒开江堤，以水对水！因为明军得考虑百姓的伤亡情况。
硕岱赞同了苏克萨哈的意见，可是费扬古觉得，王新宇可不是什么善类，在新会之战中，王新宇不惜对城头开火，打死无数百姓，所以水攻的办法，他肯定不会在乎以水对水。一旦明军也扒开江堤，吃亏的就是清军。
苏克萨哈认定，荆州之战和新会之战不同，新会是百姓帮助清军守城。而在荆州，老百姓并没有帮清军，更何况，若是扒开江堤，大量的良田被淹没，那都是明军不得不考虑的后果，所以明军不会用水来对水攻。
最终，还是苏克萨哈占了上风，毕竟他是主帅。
不过苏克萨哈并没有亲自来守荆州，而是选择驻守襄阳，他让硕岱来守荆州。
既然决定用水攻来对付明军，那么清军的主力是林兴珠的水师。
林兴珠、罗士珍和何应元从安庆败退下来，一路逃到了荆州。正好赶上清军要重建水师，于是他们几个又被苏克萨哈看中，成为了水师将领。
这时候的清军已经不再重视水师船只的质量了，竟然把刚刚砍伐下来的木头直接拿来打造船只，反正这些船都是一次性用品，并不在乎用多久，只要打完这一仗就可以报废了。另外，清军还没收了周围老百姓的小船，用来充为军用。
至于水师官兵，附近一些水贼盗匪，还有当地渔民，已经从汉江招募来的渔民，经过了简单的训练一下，就编入了水师。
就这样，清军勉强招募了一支六千多人的水师，凑齐了五百多艘小船。为了配合守住长湖堤坝，苏克萨哈还另外调遣了一千绿营陆师和三千民壮，驻扎在湖堤上，用来防止明军偷袭湖堤，破坏清军的水攻计划。
荆州城内，清军也在进行改造，清军对城门进行加固，把城门堵死，进行防水处理。就算明军扒开了江堤，城墙也能挡住洪水。
不过若是长湖堤坝决口，荆州的城墙也无法挡住从长湖泄下来的洪水，因此清军在城内准备了大量木筏竹排，一旦迫不及待扒开长湖湖堤，城内的清军就坐上木筏竹排往长湖方向撤退。只是扒开长湖堤坝，也是迫不得已的最后手段，苏克萨哈原本的意思是，有一大盆湖水悬在荆州头顶，明军不敢贸然攻城。